El logotipo del Museo está inspirado en un signo utilizado por los mesoamericanos para representar los años y que, a la vez, recrea las siglas del museo: M. A.

Es interesante mencionar que este signo del año, según los especialistas, parece haber nacido de las líneas que surgen al proyectarse las sombras mediante un ingenioso aparato que los antiguos mexicanos utilizaban para medir los movimientos solares y determinar, de esta forma, el inicio y el final del año.