Las exposiciones temporales ocupan un lugar preponderante en los programas del Museo Amparo, ya que uno de sus propósitos es presentar la diversidad del arte mexicano e internacional, tanto en sus manifestaciones pasadas como nuevas tendencias, con el fin de ampliar el horizonte de la siempre cambiante noción de Arte, acercando al público a sus múltiples expresiones. De esta manera, el Museo Amparo ofrece una amplia gama de exposiciones temporales nacionales e internacionales, dando cabida a propuestas curatoriales de investigadores que encuadren miradas innovadoras al arte y a las manifestaciones culturales.
Con más de veintidós años de actividad, el Museo Amparo ha realizado más de 130 exposiciones abordando diversas temáticas y exhibiendo variados lenguajes de Arte. Las exposiciones han abordado diversas temáticas, entre ellas: arqueología, historia, fotografía, textiles, arquitectura, diseño, cerámica, grabado, performance, entre otros medios. Además de mostrar Arte mexicano, las exposiciones han puesto a los visitantes en contacto con expresiones culturales pasadas y actuales del Perú, Japón, Israel, Polonia, Austria, Irán, entre otros.
El Museo Amparo ha colaborado con instituciones de talla internacional para brindar a su público exposiciones de extrema relevancia como la de fotografía de la colección del Chase Manhattan Bank, o los Fine Arts Museums of San Francisco. Algunas exhibiciones demuestran el interés del Museo Amparo por mostrar al arte en todas sus expresiones, como la de piezas de plata hechas durante el virreinato en Latinoamérica, o la de arte persa (realizada en colaboración con el INAH, el Museo Nacional de Antropología e Historia y el Museo Nacional de Irán). Destacan también, El sabotaje de lo real (2010), una colaboración entre el Museo Amparo y el Centre Georges Pompidou en París, en la que se mostraron fotografías ejemplares de los lazos tejidos entre los fotógrafos surrealistas franceses y los mexicanos durante los 30s. Está también la exposición Arte no es vida (2009), proveniente del Museo del Barrio de Nueva York, que se enfocó al arte acción y performativo en América Latina. El Museo Amparo reafirmó su compromiso con jóvenes artistas prometedores en la exposición curada en colaboración con el Musée d’Art Moderne de la Ville de Paris, Resisting the Present. Mexico 2000-2012 (2012).
Uno de los objetivos del Museo Amparo es establecer un intercambio cultural al acercarse a los museos del mundo. Realizando préstamos de la colección a otras instituciones, públicas y privadas, el Museo Amparo ha contribuido al conocimiento y apreciación del arte y la cultura de México, colaborando con importantes exposiciones en los recintos museísticos más prestigiados del mundo. Están por ejemplo, Home of the Brave (Glasgow, Irlanda, Estrasburgo y París, 1992); México, Journey to the Land of the Gods en el Museo NieuweKerk en Amsterdam y en el State Hermitage Museum en San Petersburgo (2002); Cuerpo y Cosmos: Arte Escultórico del México Precolombino (España, Bélgica, Austria y Chile, 2004-2005); Mexique. Europe: Allers-Retours 1910-1960, en el Lille Métropole Musée d´Art Moderne, d'Art Contemporain et d'Art Brut (LaM), Francia 2004; Courtly Art of the Ancient Maya en la National Gallery of Art en Washington, Estados Unidos (2004-2005).
